Балық, аңшылық шаруашылығы және ерекше қорғалатын табиғи аумақтар бөлімі өз қызметінде Қазақстан Республикасының Конституциясын, заңдарды, Қазақстан Республикасы Президенті мен Үкіметінің актілерін, өзге де нормативтік құқықтық актілерді, Басқарма туралы ережені, сондай-ақ Ережені басшылыққа алады.
Бөлім өзіне жүктелген міндетке сәйкес, өз құзыреті шегінде заңнамада белгіленген тәртіппен мынадай функцияларды жүзге асырады:
- жануарлар дүниесiн сақтау, қорғау және пайдалану саласындағы мемлекеттiк саясатты iске асыруға қатысады;
- «Жануарлар дүниесін пайдалануға рұқсат беру» мемлекеттік қызметін көрсетеді (балық аулау, аң аулау);
- уәкiлеттi органның және облыстық өкiлдi органдардың қатысуымен аңшылық алқаптарды және балық шаруашылығы су айдындарын және (немесе) учаскелерін бекіту бойынша конкурсты ұйымдастырады және өткiзедi.
- ғылыми ұсынымдар негізінде балық шаруашылығы су айдындары мен учаскелерін паспорттауды жүргізеді.
- Қазақстан Республикасының қолданыстағы заңнамасына сәйкес өзге де функцияларды жүзеге асырады.