Салық органдарына жүктелген негізгі міндеттердің бірі, салықтар мен бюджетке төлемдердің толық және уақтылы төленуін бақылау болып табылады, бұл ретте кез келген мемлекеттің салық жүйесінің жұмыс істеуінің қажетті шарты тиімді салықтық бақылау болып табылады. Салықтық бақылау нысандарының біріне салықтық тексерулер жатады.
Салықтық тексеру - салық органдары жүзеге асыратын, Қазақстан Республикасының салық заңнамасы, сондай-ақ Қазақстан Республикасының өзге де заңнамасы нормаларының орындалуын тексеру.
Салықтық тексеру басталғанға дейін күнтізбелік отыз күн бұрын салық төлеушіге тіркеу деректерінде көрсетілген орналасқан жері бойынша салықтық тексеру жүргізілгені туралы хабарлама жіберіледі немесе табыс етіледі. Хабарламасы бар тапсырыс хатпен пошта арқылы жіберілген хабарлама пошта немесе өзге байланыс ұйымының жауабын алған күннен бастап тапсырылды деп есептеледі.
Салық төлеушіге нұсқама берілген күн немесе салық төлеушінің нұсқама алудан бас тартуы туралы акт жасалған күн салықтық тексеруді жүргізудің басы болып есептеледі. Нұсқаманың көшірмесіне салық төлеушінің нұсқамамен танысқаны және алғаны туралы белгісі қойылады. Салық төлеушінің нұсқама алудан бас тартуы салықтық тексерудің күшін жою үшін негіз болып табылмайды. Бұл ретте салықтық тексеру жүргізетін лауазымды тұлғалар салық төлеушіге өзінің қызметтік куәлігін көрсетуге міндетті.
Салықтық тексерулерді жүзеге асыру кезеңінде салық төлеушіге тексерілетін салық кезеңінің салық есептілігіне өзгерістер мен толықтырулар енгізуіне жол берілмейді.
Салық төлеуші салық органының салық тексеруін жүргізетін қызметкерлерін кіріс алу үшін пайдаланылатын аумаққа немесе үй-жайларға (тұрғын үй-жайлардан басқа) не салық салу объектілеріне және салық салуға байланысты объектілерге тексеру үшін жіберуге міндетті. Салықтық тексеруді жүргізетін лауазымды адамдардың көрсетілген аумақтарға кіруіне кедергі болған кезде "жібермеу" туралы акт жасалады, оған тексеруді жүргізетін лауазымды адамдар мен салық төлеуші қол қояды. Көрсетілген актіге қол қоюдан бас тартқан кезде салық төлеуші бас тарту себебі туралы жазбаша түсініктеме беруге міндетті.
Салық төлеушінің салық қызметі органдарының лауазымды адамдарын салық тексеруін жүргізу үшін аумаққа немесе үй жайға жібермеуге құқығы бар:
1) нұсқама белгіленген тәртіппен ресімделмеген;
2) нұсқамада көрсетілген тексеру мерзімдері басталмаса немесе аяқталса;
3) бұл адамдар нұсқамада көрсетілмеген;
4) салық органының лауазымды адамдарының өзімен бірге ҚР заңнамалық актілеріне сәйкес салық төлеушінің аумағына немесе үй-жайына кіруге қажетті арнайы рұқсаттары болмаса.
Құжаттамалық тексеру барысында салықтық тексеруді жүргізетін лауазымды адамдардың салық төлеушіден салықтарды және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдерді есептеудің дұрыстығын және уақтылы төленгенін растайтын құжаттарды, салық төлеуші жасаған салық нысандары бойынша жазбаша түсініктемелерді, қаржылық есептілікті, сондай-ақ бухгалтерлік есепті автоматтандыруға арналған бағдарламалық қамтамасыз ету деректерін қарауға қол жеткізу құқығын ұсынуды, салықтық есепке алу, банктерді және банк операцияларының жекелеген түрлерін жүзеге асыратын, олардың клиенттерінің банк құпиясын құрайтын банк шоттары туралы мәліметтерді қамтитын өзге де ұйымдарды қоспағанда, салық төлеуші осындай бағдарламалық қамтамасыз етуді пайдаланған жағдайда, талап етуге құқығы бар.
Салықтық тексерулер жүргізу мерзімі нұсқама тапсырылған күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс. Құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғаға, дара кәсіпкерлерге, Қазақстан Республикасында бір орыннан аспайтын және қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын резидент еместерге салықтық тексеру жүргізу жағдайында, тексеру жүргізу мерзімі қырық бес жұмыс күніне дейін ұзартылады; жоғары тұрған орган - алпыс жұмыс күніне дейін ұзартады. Құрылымдық бөлімшесі бар заңды тұлғаға және Қазақстан Республикасында біреуден артық орналасқан жері бар қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын резидент еместерге, сондай - ақ мониторингке жататын ірі салық төлеушілерге салықтық тексеру жүргізу жағдайында, тексеру жүргізу мерзімі жетпіс бес жұмыс күніне дейін, жоғары тұрған орган-жүз сексен жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін.
Салық төлеушіге салықтық тексеру актісін тапсырған күн салықтық тексеру мерзімінің аяқталуы болып есептеледі. Салықтық тексеру актісі кемінде екі данада жасалады және оған салықтық тексеру жүргізген лауазымды адамдар қол қояды. Салықтық тексеру актісінің бір данасы салық төлеушіге тапсырылады. Тексеру актісін алған кезде салық төлеуші оны алғаны туралы белгі қоюға міндетті. Актіні салық төлеушіге тапсыру мүмкін болмаған кезде салықтық тексеру жүргізіледі. Бұл ретте салықтық тексеруді жүргізу күні салықтық тексеруді аяқтау мерзімі болып табылады.
Салық төлеуші (салық агенті) болмаған жағдайларда салық төлеушінің орналасқан жері бойынша және (немесе) салықтық тексеру жүргізілетін орын бойынша салықтық тексеру аяқталған күні салық қызметі органының салықтық тексеру жүргізетін лауазымды адамы салықтық тексеру актісіне тиісті жазба жүргізеді.
Салықтық тексеру аяқталғаннан кейін бұзушылықтар анықталған жағдайда хабарлама шығарылады. Салықтардың және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдердің, өсімпұлдар мен айыппұлдардың есептелген сомалары туралы хабарлама алған салық төлеуші, егер салық төлеуші салықтық тексеру нәтижелеріне шағымданбаса, оны хабарламада белгіленген мерзімде орындауға міндетті. Егер салықтық тексеру аяқталғаннан кейін салық заңнамасының бұзылуы белгіленбеген жағдайда, салықтық тексеру нәтижелері бойынша хабарлама шығарылмайды.