ШҚО бойынша МКД Тарифтік реттеу басқарманың қызметінінің міндетті құзыреті шегінде, ЕАЭО кеден заңнамасының халықаралық актілерді және ҚР кеден заңнамасының және басқа ҚР заңнамасының орындалуын қамтамасыз ету. Мемлекеттік саясаттын жүзеге асыруында қатысу, ҚР кедендік шеқарадан жүргізетін тауарлары бойынша, ҚР және ЕАЭО заңдарымен белгіленген, кедендік – тарифтік реттеу шараларды сақтауының қамамасыз ету, мемлекеттік қызмет көрсетуінің стандарттарға мен регламенттерге сәйкес сапалы мемлекеттік қызмет көрсетуін қамтамасыз ету, кедендік баждарды қамтамасыз ету сомаларын есепке алу және бақылау, Департаменттің ақшаны уақытша орналастыру шотында және кедендік баждар мен салықтарды төлеуді қамтамассыз етудің өзге де шараларын бақылау.
Тарифтік реттеу басқармасы кедендік құн бөлімі және тауарды жіктеу бөлімі тұрады функцияларына мыналар кіреді:
1) ҚР-мен жасаған халықаралық Келісімдері шеңберінде ЕАЭО кедендік шеқарадан жүргізілген тауарлары туралы сыртқы экономикалық қатысушыларға (бұдан әрі - СЭҚҚ) тарифтік артықшылықтары дұрыс беруіне бақылауын жүзеге асыру;
2) тауарлардың шыққан елің дұрыс анықтауына бақылауын жүзеге асыру;
3) Сыртқы экономикалық қызметінің бірыңғай тауар номенклатураға (бұдан әрі – СЭҚ ТН) сәйкес тауарларды дұрыс жіктеу бойынша бақылауын жүзеге асыру, дер кезіңде және сапалы жіктеу туралы шешімдерді шығару;
4) ҚР кедендік аумағына кіргізген тауарлары бойынша, Біртұтас кедендік тарифке сәйкес кедендік баждардың мөлшерлемелерді, және де, ЕАЭО заңдарға сәйкес, арнайы қорғау, алдын ала демпингке қарсы шаралар, алдын ала өтемақы баждары, алдын ала арнайы қорғау, алдын ала демпингке қарсы шаралар, алдын ала өтемақы баждары дұрыс қолдануының бақылауын жүзеге асыру;
5) кедендік әкелу бажының мөлшерлемесін практикалық қолдануына бақылауы;
6) тауарларға арналған декларациялардың электронды деректер базаның мониторинг жасауымен, ҚР кедендік шеқарадан жүргізілген тауарлардың кедендік құны бойынша талдауын жүргізу;
7) қылмыстық іс жүргізу заңдардың шеңберінде шығарған маман тарту туралы қаулы бойынша кедендік құн, тауарлардың жіктеу және шығарылған жерін бойынша қорытындысын шығару;
8) Басқырманың құзыретіне кіретін сұрақтары бойынша тәуекел профилдерін құруында қатысу.
9) «Тауардың шығарылған жері туралы алдын ала шешім қабылдау» мемлекеттік қызметін көрсету;
10) «Тауарларды сыныптау бойынша алдын ала шешім қабылдау» мемлекеттік қызметін көрсету;
11) «Тауарды әкелуін болжамды белгілі бір уақыт кезеңде әр түрлі партияларымен құрастырылмаған немесе бөлшектелген түрде, оның ішінде жасақталмаған немесе жасалып бітпеген түрде өткізілетін сыныптау туралы шешімдер қабылдау» мемлекеттік қызметін көрсету;
12) «Кедендік баждарды, салықтарды, арнайы, демпингке қарсы, өтем баждарды төлеу жөніндегі міндеттерді орындауды қамтамасыз етудің, сондай-ақ кеден ісі саласында қызметін жүзеге асыратын заңды тұлғаның және (немесе) уәкілетті экономикалық оператордың міндеттерінің орындалуын қамтамасыз етудің тіркеуі» мемлекеттік қызметін көрсету;
13) Департаменттің ақшаны уақытша орналастыру шотында ақша қаражатының қозғалысын бақылау;
14) Банктік кепілдіктерді, кепігерлік шарттарын, мүлік кепіл шарттарын, есепке алу,сақтандыру шарты.
Кедендік құнды бақылау Еуразиялық экономикалық одақтың Кеден кодексінің Еуразиялық экономикалық одақтың Кеден кодексінің 325 бабымен, «Қазақстан Республикасындағы кедендік реттеу туралы» Қазақстан Республикасы 47 тарауының 64-73 баптары, Еуразиялық экономикалық Алқасының 2018 жылғы 27 наурыздағы №42 «Еуразиялық экономикалық одақтың кедендік аумағына әкелінген тауарлардың кедендік құнын кедендік бақылау ерекшеліктері туралы» Шешімдері негізінде жүзеге асырылады.
«Кедендік баждарды, салықтарды,арнайы, демпингке қарсы, өтемақы баждарын төлеу жөніндегі міндеттемелердің орындалуын тіркеу, сондай-ақ кеден ісі саласындағы қызметті жүзеге асыратын заңды тұлғаның және (немесе) экономикалық оператордың міндеттерін орындауды қамтамасыз ету» мемлекеттік қызмет көрсету Еуразиялық экономикалық одақтың Кеден кодексінің және де «Қазақстан Республикасындағы кедендік реттеу туралы» Қазақстан Республикасыкодесімен «Кедендік баждарды, салықтарды, арнайы, демпингке қарсы, өтем баждарды төлеу жөніндегі міндеттерді орындауды қамтамасыз етудің, сондай-ақ кеден ісі саласында қызметін жүзеге асыратын заңды тұлғаның және (немесе) уәкілетті экономикалық оператордың міндеттерінің орындалуын қамтамасыз етудің кейбір мәселелері туралы» Қазақстан Республикасы Қаржы министрінің 2018 жылғы 26 ақпандағы № 294 бұйрығына өзгерістер мен толықтыру енгізу туралы Қазақстан Республикасы Қаржы министрлігінің 2020 жылғы 15 қырқүйектегі № 872 бұйрығымен бекітілген.
«Тауардың шығарылған жері туралы алдын ала шешім қабылдау» мемлекеттік қызметін көрсету сәйкес жүзеге асырылады «Қазақстан Республикасының Мемлекеттік кіріс органдарының мемлекеттік қызметтер көрсету қағидаларын бекіту туралы» Қазақстан Республикасы Қаржы министрінің 2020 жылғы 10 шілдедегі № 665 бұйрығына сәйкес «Тауарды сыныптау туралы алдын ала шешім қабылдау», «Белгілі бір уақыт кезеңі ішінде әртүрлі тауар партияларымен әкелу болжанып отырған жиналмаған немесе бөлшектелген түрдегі, оның ішінде жиынтықталмаған немесе жасалып бітпеген түрдегі тауарды сыныптау туралы шешім қабылдау» мемлекеттік көрсетілетін қызметтердің өтініштерін қабылдау мен нәтижесін беруі «Азаматтарға арналған үкімет мемлекеттік корпорациясы» КЕАҚ, сондай-ақ «электрондық үкіметтің» веб-порталы www.egov.kz арқылы жүзеге асырылады. Бұдан басқа, «Тауарлардың шығу тегі туралы алдын ала шешімдер қабылдау» қызметі тек қана «Азаматтарға арналған үкімет мемлекеттік корпорациясы КЕАҚ арқылы көрсетіледі.
Аумақтық органдардың Еуразиялық экономикалық одағына мүше мемелекеттердің аумағынан Қазақстан Республикасының аумағына импортталатын таурлар бойынша жанама салықтарды төлеу жөніндегі озара іс-қимылын қамтамасыз ету мақсатында бақылауды жүзеге асыру Қазақстан Республикасының Мемлекеттік кірістер комитетінің 2018 жылғы 31 шілдедегі № 353 бұйрығына сәйкес «Аумақтық мемлекеттік кірістер органдарының қосылған кұн салығынан босатудың және Еуразиялық экономикалық одағына мүше мемелекеттер аумағынан Қазақстан Республикасының аумағына импортталатын таурлар бойынша есепке алу әдісімен қсылған құн салығыш төлеудің заңдылығын қамтамасыз ету жөніндегі озара іс-қимыл тәртібін бекіту туралы».