Виртуалды қойма-бұл аумақтағы барлық тауарлардың, соның ішінде импорт пен экспорттың қозғалысын бақылау үшін мемлекет құрған арнайы модуль. Бұлтты жүйе ҚТ виртуалды қоймасы ЭШФ АЖ жүйесінде орналасқан. Виртуалды қойма ҚР Қаржы министрлігінің бұйрығына сәйкес 2018 жылдың 1 сәуірінен бастап енгізілді. Виртуалды қоймада жұмыс ЭШФ АЖ жүйесі арқылы жүргізіледі. Қазақстандағы виртуалды қойма белгілі бір тауар санаттарына, атап айтқанда Виртуалды қойма тауарларына арналған. ӘК тауарлары ҚР МКК құрылды, атап айтқанда сайта жарияланған тауарлар мен тауар санаттарының СЭҚ ТН кодтарының тізбесі бекітілді kgd.gov.kz. 2020 жылы ВС тауарларына 386 тауар позициясы жатқызылды, олардың ішінде: автокөлік құралдары, мониторлар, проекторлар, тоңазытқыш жабдықтар. 2021 жылдан бастап Виртуалды қойма тек әуе кемелерінің тауарларымен жұмыс істеу үшін ғана емес, сонымен бірге ТІЖ - мен жұмыс істеу үшін-тауарларға ілеспе жүкқұжат қажет болды. "Электрондық шот-фактуралардың ақпараттық жүйесінің "Виртуалды қойма" модулі арқылы электрондық шот-фактуралар жазып берілетін тауарлардың тізбесін бекіту туралы" Қазақстан Республикасы Қаржы министрінің 2019 жылғы 23 сәуірдегі №384 бұйрығымен" Виртуалды қойма "модулі тауарларының тізбесіне дәрілік заттар бойынша СЭҚ ТН 39 коды және СЭҚ ТН 12 коды қосымша енгізілді: құрамында алтын бар тауарлар. ЭШФ АЖ модулі арқылы жазып берілетін тауарлардың тізбесі 2022 жылғы 1 қарашадан бастап құрылыс материалдарына кеңейтілді. Пилоттық жобаның бекітілген қағидаларына байланысты 2022 жылғы 1 ақпаннан бастап СЭҚ ТН кодтары Тізбеге енгізілген құрылыс материалдары бойынша ТІЖ ресімдеу жөніндегі ұшқыш іске қосылды, олар бойынша ЭШФ жазып беру ӘК модулі арқылы жүргізіледі. Пилоттық жоба кезеңінде уақтылы ресімдемегені үшін әкімшілік жауапкершілік шаралары, ТІЖ растау көзделмеген. Виртуалды қоймада жұмыс істеуге қатысты. ЭШФ жазып беру алдында "Виртуалды қойма" модулінде сатылатын қалдықтарға қатысты "қалдықтарды енгізу" нысанын қолдана отырып, ЭШФ АЖ "виртуалды қоймаға" тауарлардың қалдықтарын енгізу қажет."Виртуалды қойма" модулі арқылы ЭШФ жазып беру бойынша техникалық функционал ЭШФ АЖ порталында тегін ұсынылады. ЭШФ АЖ пайдаланушысының нұсқаулығы, қалдықтарды енгізу бойынша қадамдық нұсқаулық, виртуалды қоймамен жұмыс бойынша жадынама ҚР ҚМ МКК порталында ЭШФ АЖ бөлімінде орналастырылған. ӘК электрондық шот-фактураларды жазып беру. Жоғарыда аталған тауар топтары үшін "Виртуалды қойма" модулі арқылы ЭШФ жазып беру жөніндегі міндеттеме 2020 жылғы 1 қазаннан басталды. "Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы" Қазақстан Республикасы Кодексінің 412-бабының 2-тармағына сәйкес, салық төлеуші шот-фактураны қағаз жеткізгіште жазып беруге құқылы жағдайларды қоспағанда, шот-фактура электрондық нысанда жазып беріледі.Бұл ретте есеп айырысулары жүзеге асырылатын тауарлар, жұмыстар, көрсетілетін қызметтер өткізілген жағдайларда шот-фактура жазып беру талап етілмейді: сатып алушыға бақылау-касса машинасының чегін ұсына отырып, қолма-қол ақшамен және (немесе) көрсетілетін қызметтерге ақы төлеу терминалдары арқылы; төлем карточкаларын пайдалана отырып, төлемдерді жүзеге асыруға арналған жабдықты (құрылғыны) қолдана отырып жүргізіледі. Бұдан басқа, Салық кодексінің 166-бабына сәйкес бөлшек саудада өткізген жағдайда салық төлеушілер өткізу үшін ақшалай есеп айырысуды жүзеге асырған кезде бақылау-касса машинасының чегін ұсынуға міндетті.
Жоғарыда айтылғандарға байланысты дәрілік заттарды бөлшек саудада өткізу кезінде: Кез келген нысандағы дәрілік заттарды өткізгені үшін ақшалай есеп айырысуды жүзеге асыру кезінде бақылау-касса машинасының чегін ұсыну; кодтары мен атаулары ДСҰ-ны алу тауарларының тізбесіне енгізілген тауарлар бойынша "Виртуалды қойма" модулі арқылы ЭШФ жазып беру (кодтары мен атаулары 2020 жылғы 1 қазандағы жағдай бойынша ДСҰ-ны алу тауарларының тізбесіне енгізілген дәрілік заттардың тізбесі қоса беріледі); кодтары мен атауы ДСҰ тауарларын алу тізбесіне кірмейтін тауарлар бойынша салық төлеушінің виртуалды қоймасындағы қалдықтарды өзектілендіру мақсатында есептен шығару себебін көрсете отырып, "есептен шығару" нысанын ресімдеу арқылы "Виртуалды қойма" модулінде есептен шығару жүргізілсін "СЭҚ ТНВЭД осы коды бар тауар "Виртуалды қойма" модулінде жүргізілуге жатпайды.