Бүгінгі күні ТБЖ қолданудың басқа бағыты "ТБЖ қолданумен электрондық шот – фактуралардың ақпараттық жүйесі (бұдан әрі-ЭШФ АЖ) негізінде қосылған құн салығын (бұдан әрі – ҚҚС) әкімшілендіруді жетілдіру жөніндегі пилоттық жоба (бұдан әрі - пилоттық жоба) шеңберінде тәуекелі жоғары салық төлеушілерді айқындау болып табылады (тәуекелдің жоғары дәрежесі ғана беріледі).
Салық кодексінің 68-бабының 1-1 тармағына сәйкес салықтық әкімшілендіруді жаңғырту және жетілдіру мақсатында салық органдары салықтық әкімшілендірудің және салық төлеушілердің салықтық міндеттемелерді орындауының өзге тәртібін көздейтін пилоттық жобаларды іске асыруды (ендіруді) жүзеге асыруға құқылы.
Бұл ретте пилоттық жоба қолданылатын салық төлеушілердің санаттарын, салық төлеушілердің, салық органдары мен өзге де уәкілетті мемлекеттік органдардың, сондай-ақ ұйымдардың құқықтары мен міндеттерін, пилоттық жобаларды іске асыру (ендіру) жүзеге асырылатын аумақты (учаскені) және (немесе) өңірді, пилоттық жобаларды іске асыру (ендіру) қағидалары мен мерзімдерін уәкілетті орган айқындайды.
Осыған байланысты, Қазақстан Республикасы Премьер – Министрінің бірінші орынбасары – Қазақстан Республикасы Қаржы министрінің 2019 жылғы 3 қазандағы №1084 бұйрығымен ТБЖ қолдана отырып, ЭШФ АЖ негізінде ҚҚС әкімшілендіруді жетілдіру жөніндегі пилоттық жобаны іске асыру қағидалары мен мерзімдері бекітілді(бұдан әрі - бұйрық).
Бұйрықтың 3-тармағына сәйкес пилоттық жобаның қатысушылары сатып алынған және өткізілген тауарлар, жұмыстар мен көрсетілетін қызметтер бойынша, яғни жедел деректер бойынша деректерді талдауға негізделген ТБЖ айқындалған тәуекелдің жоғары дәрежесіне жатқызылған ҚҚС төлеушілер, сондай-ақ тәуекелдің жоғары дәрежесіне жатқызылған салық төлеушілер жазып берген ЭШФ сәйкес тауарларды, жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді алушылар болып табылатын салық төлеушілер (контрагенттер) болып табылады.
Тәуекелді салық төлеушілердің нысаналы тобын анықтау Қызмет бабында пайдалануға арналған бекітілген рәсімге сәйкес (Комитет төрағасының ҚБП 2019 жылғы 28 қыркүйектегі №453 бұйрығы шеңберінде) автоматтандырылған түрде жүргізіледі. Салық төлеуші камералдық бақылау рәсімімен айқындалған көрсеткіштер тобына бір мезгілде сәйкес келген жағдайда тәуекелдің жоғары дәрежесі беріледі.
Пилоттық жоба шеңберінде қатысушылар тәуекелдері болған жағдайда жоғары тәуекел ретінде санаттарға бөлінеді және бұл жағдайда оларға камералдық бақылау нәтижелері бойынша Мемлекеттік кіріс органдары анықтаған бұзушылықтарды жою туралы хабарлама (бұдан әрі - хабарлама) жіберіледі, оның орындалу қорытындысы бойынша тәуекел дәрежесі алынады.
Бұйрықтың 9-тармағына сәйкес хабарламаны орындау болып келесі жағдайлар танылады:
1) хабарламада көрсетілген бұзушылықтармен келіскен жағдайда - салық төлеуші тәуекелдің жоғары дәрежесіне жатқызылған жазып берілген ЭШФ-ны кері қайтарып алу;
2) хабарламада көрсетілген бұзушылықтармен келіспеген жағдайда - салық төлеушінің Қаржы-шаруашылық операцияны жүзеге асыру фактісін растайтын құжаттардың көшірмелерін қоса бере отырып, түсініктеме беруі.