Кедендік декларациялау мониторингі басқармасының негізгі қызметі елдің экономикалық мүдделерін ескере отырып, сыртқы экономикалық қызмет саласындағы ашықтықты, қолжетімділікті, тиімділікті қамтамасыз ету, импорттық-экспорттық операциялардың балансы болып табылады. Тәуекелдерді басқару жүйесін нормативтік – құқықтық реттеуді қамтамасыз ету, тауар шығарылғаннан және кедендік құнын кедендік бақылауды жүзеге асырғаннан кейін құжаттарға және (немесе) мәліметтерге тексеру жүргізу.