ҚР Салық кодексінің 13 -бабына сәйкес салықтық тексеру кезінде салық төлеушінің құқықтары мен міндеттері келесідей:
Салық төлеуші тексеру нәтижелері туралы хабарламаға, салық төлеушінің (салық агентінің) шағымын қарау нәтижелері туралы хабарламаға тексеру нәтижелері туралы хабарламаға шағымдануға құқылы, сондай -ақ ( салық органдарының лауазымды адамдарының әрекетсіздігі, салық салу объектілеріне және (немесе) салық салуға байланысты объектілерге жатпайтын мәліметтер мен құжаттарды ұсынбауы, ұсынылуы салықта көзделген мәліметтер мен құжаттарды қоспағанда. Қазақстан Республикасының заңнамасы, трансферттік баға туралы Қазақстан Республикасының заңнамасы, сондай -ақ акцизделетін тауарлардың жекелеген түрлерін, авиаотын, биоотын мен мазут өндіру мен айналымын реттейтін Қазақстан Республикасының заңнамасы.
Салық төлеуші міндетті:
1) салық міндеттемелерін уақтылы және толық көлемде орындауға;
2) салық органдарының талап етуі бойынша салықтық тексеру жүргізу туралы келісімді және мұндай келісім жасалған жағдайда салықтық тексеру қорытындысын ұсынады;
3) салықтық тексеру жүргізу үшін Қазақстан Республикасының салық заңнамасында көзделген ақпаратты және барлық қажетті құжаттарды ұсынуға міндетті.
4) бақылау -касса машиналарын қолдануға қойылатын талаптарды сақтауға;
5) ауыстыру есептерін, кассалық және сату түбіртектеріне арналған кітаптарды басып шығару немесе толық толтыру, сондай -ақ жою және қайтару операциялары жүргізілген бақылау -касса машиналарының түбіртектерін басып шығару немесе толық толтыру күнінен бастап бес жыл бойы сақтауға.
ҚР Салық кодексінің 14 -бабына сәйкес салық агентінің құқықтары мен міндеттері келесідей:
Салық агенті осы Кодексте көзделген жағдайларды қоспағанда, салық төлеуші сияқты құқықтарға ие және міндеттемелерді орындайды.
Қазақстан Республикасы Салық кодексінің 15 -бабына сәйкес салық төлеушіге (салық агентіне) осы Кодексте және Қазақстан Республикасының өзге де заңдарында айқындалған тәртіппен жүзеге асырылатын оның құқықтары мен заңды мүдделерін қорғауға кепілдік беріледі. . Салық органдарына, олардың лауазымды тұлғалары мен қызметкерлеріне салық төлеушілерден Қазақстан Республикасының салық заңнамасында көзделмеген міндеттемелерді орындауды талап етуге тыйым салынады.