Нұсқамада көрсетілетін салықтық тексеру жүргізу мерзімі нұсқама тапсырылған күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс.
Құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, дара кәсіпкерлер және резидент еместер үшін салықтық тексеру жүргізу мерзімі қырық бес жұмыс күніне дейін, жоғары тұрған салық органы алпыс жұмыс күніне дейін ұзартылуы мүмкін.
Қазақстан Республикасында біреуден көп орналасқан жері болған кезде құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын резидент еместер үшін, сондай – ақ салық мониторингіне жататын салық төлеушілер үшін-жетпіс бес жұмыс күніне дейін, жоғары тұрған салық органы жүз сексен жұмыс күніне дейін тексеру жүргізеді.
Салықтық тексеру жүргізу мерзімінің өтуі салық органының бухгалтерлік құжаттарды ұсыну туралы талабын салық төлеушіге тапсыру, басқа салық органдарына, мемлекеттік органдарға, банктерге сұрау салуды жіберу, салық төлеушінің салықтық тексерудің алдын ала актісіне жазбаша қарсылығын дайындау кезеңіне тоқтатыла тұруы мүмкін. Бұл ретте салық органы салықтық тексеруді тоқтата тұру туралы хабарламаны табыс етуге, ал қажетті мәліметтерді алған кезде қайта бастау туралы хабарламаны табыс етуге міндетті.
Тоқтата тұру мерзімі салықтық тексеру мерзіміне мынадай себептер бойынша енгізілмейді:
1) салықтық мониторингке жататын салық төлеушілер бойынша;
2) заңды тұлғаның таратылуына немесе дара кәсіпкер қызметінің тоқтатылуына байланысты жүргізілетін;
3) трансферттік баға белгілеу мәселелері бойынша тақырыптық тексерулер,
қайтаруға ұсынылған қосылған құн салығының асып кеткен сомаларының дұрыстығын растау, резидент еместің өтініші негізінде бюджеттен табыс салығын қайтару бойынша тексерулер.
4) Қазақстан Республикасының Қылмыстық іс жүргізу кодексінде көзделген негіздер бойынша жүргізілетін;
5) салық төлеушіге құжаттарды ұсыну туралы салық органының талаптары қойылған жағдайда жүргізіледі.
6) салық төлеушіге алдын ала салықтық тексеру актісі қойылған, сондай-ақ салық органы салық төлеушінің салықтық тексерудің алдын ала актісіне жазбаша қарсылығын қараған жағдайларда жүргізіледі.
1) – 6) тармақшаларда көрсетілмеген салықтық тексерулер үшін тоқтата тұру мерзімі салықтық тексеру мерзіміне қосылады.