Басқарманың негізгі міндеттері Мемлекеттік қызметтер көрсету сапасын арттыру, Департаменттің құрылымдық және аумақтық бөлімшелерінің мемлекеттік көрсетілетін қызметтер стандарттары мен регламенттерінің нормаларын сақтауын бақылауды қамтамасыз ету, мемлекеттік қызметтер көрсету кезінде жол берілетін бұзушылықтардың себептерін анықтау, алдын алу және жою болып табылады. Басқарманың құзыретіне кіретін мәселелер бойынша Қазақстан Республикасының Салық және өзге де заңнамасын қолдану заңдылығының сақталуын қамтамасыз ету.
Сондай-ақ, Қазақстан Республикасының Салық және кеден заңнамасын түсіндіруді жүзеге асыру; Қазақстан Республикасының Салық және кеден заңнамасы мәселелері бойынша Қоғамның салық және кеден мәдениетін және хабардарлығын арттыру.