Департаментке жүктелген Қазақстан Республикасы мен Еуразиялық экономикалық одақтың заңнамасын сақтау, мемлекеттік саясатты іске асыруға қатысу; өз құзыреті шегінде ЕАЭО және Қазақстан Республикасының кеден заңнамасына сәйкес кедендік әкімшілендіруді жүзеге асыру; кедендік рәсімді мәлімдеу алдындағы операциялардың жүргізілуіне, кедендік транзит кедендік рәсімінің қолданылуына және тауарларды ЕАЭО кедендік аумағынан тыс жерлерге әкетуге бақылауды ұйымдастыру; басқа мемлекеттердің кеден органдарымен ақпарат алмасуды қамтамасыз ету; кедендік декларациялауға, кедендік тазартуға және тауарларды шығаруға байланысты кедендік операцияларды жасауға, оның ішінде ақпараттық технологияларды пайдалана отырып шығаруға бақылауды қамтамасыз ету; ақпараттық технологияларды пайдалана отырып, кедендік рәсімдер шарттарының, оның ішінде тауарлар оларға тауарлар мәртебесіне ие болмайтын үй-жайлар кезінде сақталуын қамтамасыз ету; тауарлар мен көлік құралдарының жекелеген санаттарын кедендік декларациялауға байланысты, оның ішінде ақпараттық технологияларды пайдалана отырып кедендік операциялардың жасалуын бақылау; мемлекеттік қызметтер көрсетудің стандарттары мен регламенттеріне сәйкес мемлекеттік қызметтердің сапалы көрсетілуін қамтамасыз етілуінің орындалуын бақылау.