Қазақстан Республикасының «Жергілікті өкілді және атқарушы органдары туралы» 10 желтоқсан 1993 жылғы №2578-ХII Заңына сай 1994 жылы 7 наурызда Қазақстан Республикасы Жоғарғы Кеңесі мен жергілікті өкілді органдарының сайлауы өтті. Қаратөбе ауданында өткен 11 аудандық сайлау округінен 11 депутат сайлау қорытындысымен Қаратөбе аудандық мәслихатына сайланды.
1994 жылғы 26 наурыз күнгі I шақырылған I сессиясы шешімімен аудандық Мәслихат депутаттар жиналысы жергілікті өкілді орган болып есептелінді. 2001 жылы 27 қарашадағы аудандық мәслихат сессиясының №15-4 шешімімен «Қаратөбе аудандық мәслихаты» болып аталып келеді. Ең алғаш мәслихат хатшысы болып Сағынов Тлекқабыл сайланып, 2010 жылға дейін зейнеткерлік жасқа шыққанша атқарды. 2010 жылдан 2016 жылдың наурыз айына дейін аудандық мәслихат хатшысы болып Тойшыбаев Батырғали атқарған. 2016 жылдан 2021 жылдың 1 шілдесіне дейін аудандық мәслихат хатшысы қызметін Сүйеуғалиев Қадыржан Орынбасарұлы атқарды.
2021 жылдың 7 желтоқсанынан бастап Қаратөбе аудандық мәслихатының хатшысы болып Мендешов Нұрлан Құмарұлы сайланды.