Ведомствоаралық комиссияның негізгі міндеттері:
1) сыбайлас жемқорлыққа қарсы күрестің жай-күйін және Қазақстан Республикасының 2015-2025 жылдарға арналған сыбайлас жемқорлыққа қарсы стратегиясын іске асыру және көлеңкелі экономикаға қарсы іс-қимыл барысын талдау, орындалатын іс-шаралардың нәтижелілігін бағалау;
2) халықты сыбайлас жемқорлыққа қарсы күрес саласындағы мемлекеттік саясат, сыбайлас жемқорлыққа қарсы іс-қимыл және сыбайлас жемқорлық көріністерінің профилактикасы жөніндегі шаралар туралы тұрақты хабардар етуді қамтамасыз ету;
3) Сыбайлас жемқорлыққа қарсы күрестің өзекті мәселелері бойынша қоғамдық ұйымдармен өзара іс-қимыл жасау.