Ведомствоаралық комиссияның негізгі міндеттері: 1) құқық бұзушылық профилактикасы субъектілерінің қызметін үйлестіру; 2) құқық бұзушылық профилактикасы субъектілері қызметінің тиімділігін бағалау; 3) Қазақстан Республикасының құқық бұзушылық профилактикасы туралы заңнамасын жетілдіру жөнінде ұсыныстар әзірлеу; 4) құқық бұзушылық профилактикасы саласындағы бағдарламалық құжаттардың іске асырылу барысын қарау; 5) адам мен азаматтың құқықтары мен заңды мүдделерін қорғау және қалпына келтіру, құқық бұзушылық жасауға ықпал ететін себептер мен жағдайларды; 6) құқық бұзушылықтардың профилактикасы мәселелері бойынша ақпараттық материалдарды Қазақстан Республикасының Үкіметіне, тиісті жергілікті өкілді және атқарушы органдарға дайындау және жіберу.