Қазақстанның балық шаруашылығының негізін су айдындарының балық шаруашылығы қоры құрайды. Оның құрамына Каспий және Арал теңіздерінің акваториялары, Балқаш, Зайсан көлі, Алакөл көлдер жүйесінің су айдындары (Алакөл, Сасықкөл, Қошқаркөл), Бұқтырма, Өскемен, Шүлбі, Қапшағай, Шардара су қоймалары, Іле, Ертіс, Сырдария, Жайық, Тобыл, Нұра, Шу өзендері және балықтың 70-тен астам түрі, оның ішінде коммерциялық тұрғыдан неғұрлым құнды түрлері (көксерке, сазан, ақ амур, дөңмаңдай т.б.) мекендейді.
Балық шаруашылығы комитеті Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2020 жылғы 31 желтоқсандағы № 955 қаулысымен құрылды.
Қазақстан Республикасы Президентінің 2024 жылғы 3 қаңтардағы № 426 Жарлығына сәйкес, Ауыл шаруашылығы министрлігі оған Қазақстан Республикасы Экология және табиғи ресурстар министрілігінің балық шаруашылығы саласындағы функциялары мен өкілеттілігі беріліп қайта құрылды.
Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Балық шаруашылығы комитеті балық ресурстары мен басқа да су жануарларын қорғау, өсімін молайту және пайдалану саласында стратегиялық, реттеушілік, іске асыру және бақылау функцияларын жүзеге асыратын ведомство болып табылады.
Қызметтің негізгі бағыттары:
балық аулау-балық ресурстарын және басқа да су жануарларын аулау;
балық өсіру-кәсіпкерлік қызмет мақсатында балықты жасанды жолмен көбейту және өсіру.