Алматы қаласында 6 облыстық филиалының (Атырау, Алтай, Арал, Балқаш, Солтүстік және Батыс Қазақстан облыстарында) және бас кеңсесінің болуына байланысты «БШҒӨО» ЖШС (1929 жылдан бастап) өз қызметіне барлық балық шаруашылығын қамтитын Қазақстандағы жалғыз мамандандырылған балық шаруашылығы институты болып табылады және бүкіл елдің аумағында жұмыс істейді.
Зерттеу объектілері - қоршаған ортаның барлық ауқымы және факторлары (гидрология, гидрохимия, жем-азықтық базасы) және де тікелей су жануарлары (балықтар, итбалықтар, артемия және басқа да гидробионттар).
Көпжылдық зерттеулер негізінде балық шаруашылығының ғылыми-өндірістік орталығы өңірлерде жұмыс істеп тұрған балық өсіру шаруашылықтарын кеңейтуді және жаңа балық өсіру шаруашылықтарын ұйымдастыруды ескере отырып, ҚР әрбір облысында тауарлы балық өндіру әлеуетін бағалады. Көл-тауарлы балық өсіру шаруашылығына жаңа технологияларды енгізу, жабық сумен жабдықтау және жоғары технологиялық тор шаруашылықтары негізінде аса қарқынды балық өсіру шаруашылықтарын енгізу, жаңа өсіру объектілерін енгізу перспективалары бағаланды.
Төменде келтірілген бағыттар бойынша жұмыстардың үлкен көлемі орындалуда: