Міндеттері:

1) медициналық қызметтер (көмек) көрсету саласында мемлекеттік саясатты іске және бақылау-қадағалау асыру;

2) құзыреті шегінде мемлекеттік қызметтерді көрсету сапасын және қолжетімділігін қамтамасыз ету;

3) өз құзыретінің шегінде Департаментке жүктелген өзге де міндеттерді жүзеге асыру.

Функциялары:

• медициналық қызметтер (көмек) көрсету саласындағы мемлекеттік саясатты іске асырады;
• Қазақстан Республикасының Әкімшілік құқық бұзушылық туралы кодексіне сәйкес әкімшілік құқық бұзушылық туралы істерді қарайды;
• медициналық қызметтер (көмек) көрсету саласында мемлекеттік бақылауды және қадағалауды жүзеге асырады;
• Департаменттің құзыретіне кіретін мәселелер бойынша жеке және заңды тұлғалардың өтініштерін қарайды;
• өз құзыреті шегінде медициналық қызметтер (көмек) көрсету саласында мемлекеттік қызметтер көрсетеді;
• өз құзыреті шегінде рұқсаттық бақылауын жүзеге асырады;
• «Рұқсаттар және хабарламалар туралы» Қазақстан Республикасының Заңына сәйкес сот-медициналық, сот-наркологиялық, сот-психиатриялық сараптамаларды қоспағанда, медициналық қызметті лицензиялауды жүзеге асырады;
• медициналық қызметтер (көмек) көрсету саласындағы мемлекеттік бақылау мәселелері бойынша қоғамдық бірлестіктермен өзара іс-қимыл жасайды;
• әлеуметтік медициналық сақтандыру қоры жүргізетін медициналық көрсетілетін қызметтердің сапасы мен көлемі бойынша шарттық міндеттемелер мониторингінің нәтижелеріне денсаулық сақтау субъектілері шағымданған кезде мемлекеттік бақылауды жүзеге асырады;
• облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың және астананың денсаулық сақтауды мемлекеттік басқарудың жергілікті органдарының бірыңғай медициналық ақпараттық call-орталығының қызметін ұйымдастыруына қатысады;
• облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың және астананың денсаулық сақтауды мемлекеттік басқарудың жергілікті органдарының денсаулық сақтау ұйымдары желісінің мемлекеттік нормативті сақтауына мониторингті жүзеге асырады;
• клиникалық практикаға жіберу үшін маман сертификатын беру бойынша мемлекеттік қызметті көрсетеді;
• денсаулық сақтау саласындағы менеджер сертификатын беру бойынша мемлекеттік қызметті көрсетеді;
• аккредиттелген денсаулық сақтау субъектілерінің қызметіне аккредиттеуден кейінгі мониторингті жүргізеді;
• кәсіптік медициналық қызметті жүзеге асыру үшін «Назарбаев Университетіне» немесе оның медициналық ұйымдарына, Қазақстан Республикасы Президенті Іс Басқармасының медициналық ұйымдарына, сондай-ақ оқыту мақсатында қосымша білім берудің білім беретін оқу бағдарламаларын іске асыратын және аккредиттелген университеттік ауруханалардың, денсаулық сақтау саласындағы білім беру ұйымдары клиникаларының базасындағы және резидентура базасындағы танылған аккредиттеу органдарының тізіліміне енгізілген аккредиттеу органдарында институционалдық аккредиттеуден өткен жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарына, ұлттық және ғылыми орталықтарға, ғылыми-зерттеу институттары мен жоғары медициналық колледждерге шақырылған адамдарды қоспағанда шетелдіктерге клиникалық практикаға жіберу үшін маман сертификатын беру бойынша мемлекеттік қызметті көрсетеді;
• медицина қызметкерінің еңбекке уақытша жарамсыздық парағын немесе анықтаманы беру қағидаларын бұзуын мемлекеттік бақылауды жүзеге асырады;
• денсаулық сақтау ұйымдарының медициналық қызметтер (көмек)көрсету саласындағы қызметін үйлестіреді;
• «Рұқсаттар және хабарламалар туралы» Қазақстан Республикасының Заңында белгіленген тәртіппен Кодекстің 24-бабы 1-тармағының 4) және 5) тармақшаларында көрсетілген қызметті жүзеге асырудың басталғаны немесе тоқтатылғаны туралы хабарламаларды қабылдауды жүзеге асырады;
• Қазақстан Республикасының заңнамасында көзделген өзге де  функцияларды жүзег еасырады.