Заңнамада белгіленген тәртіпте өз құзыреті шегінде келесі функцияларды жүзеге асырады:
1) жер үсті көздерінің су ресурстарын пайдаланғаны үшін төлемақы ставкаларының есебін жасау;
2) су объектілерін оқшау немесе бірлесіп пайдалануға конкурстық негізде Қазақстан Республикасының Үкіметі белгілеген тәртіппен береді;;
3) бассейндік инспекциялармен, халықтың санитариялық-эпидемиологиялық салауаттылығы саласындағы мемлекеттік органмен, қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті мемлекеттік органмен, жер қатынастары жөніндегі уәкілетті органмен келісім бойынша су қорғау аймақтары мен белдеулерін белгілеу жөніндегі актіні әзірлейді;;
4) бассейндік инспекциялармен келісім бойынша су қорғау аймақтары мен белдеулерін шаруашылықта пайдаланудың режимі мен ерекше жағдайларын белгілеу жөнінде акт әзірлейді;;
5) бассейндік кеңестердің жұмысына және бассейндік келісімге қатысады, бассейндік кеңестердің қарауына су объектілерін ұтымды пайдалану мен қорғау, елді мекендерді сумен жабдықтау, су бұру жөнінде ұсыныстар енгізеді, бассейндік кеңестердің ұсынымдарын зерделейді, оларды іске асыру жөнінде шаралар қабылдайды;
6) суға сүңгу жұмыстарын, Нұр-Сұлтан қаласының әкімшілік-аумақтық шекарасы шегіндегі Есіл өзені мен оның тармақтары акваториясының су айдынын тазарту және ағымдық күтіп ұстау қызметін жүргізу;
7) өзен арналарын реттеу үшін өзен түбін, сутоғандарын лайдан және қоқыс қабаттарынан тазарту бойынша түбін тазалау және түптереңдету жұмыстарының орындалуын қамтамасыз ету;
8) суайдындар мен жасанды суайдындар аумағында және жағажай белдемінде экологиялық іс-шаралар жүргізу;
9) балық шаруашылығы учаскелерінің шекараларын белгілеу, ұйықтарды (ұйықтық учаскелерді) ашу және жабу;
10) ғылыми ұсынымдар негізінде балық шаруашылығы су айдындарын және (немесе) учаскелерін паспорттауды жүргізу;
11) рекреациялық балық аулау аймағын белгілеу.