Стратегиялық жоспарды әзірлейтін республикалық бюджеттік бағдарламалар әкімшісінің бюджеттік бағдарламасы стратегиялық жоспарда айқындалған мақсаттармен өзара байланысты республикалық бюджет шығыстарының бағытын айқындайды. Бюджеттік бағдарламаны бюджеттік бағдарламалардың әкімшісі жыл сайын жылжымалы негізде жоспарлы кезеңге әзірлейді және тікелей және түпкілікті нәтижелердің көрсеткіштерін, жоспарлы кезеңге жоспарланатын бюджет қаражатының көлемін қамтиды. Стратегиялық жоспарлар әзірлейтін республикалық бюджеттік бағдарламалар әкімшілерінің бюджеттік бағдарламаларын бюджеттік жоспарлау жөніндегі орталық уәкілетті органмен келісу бойынша бюджеттік бағдарламалардың әкімшілері бекітеді. Агенттіктің 2020 жылға арналған бюджеттік бағдарламасы "Қазақстан Республикасы Қаржы нарығын реттеу және дамыту агенттігінің 2020 жылға арналған бюджеттік бағдарламасын бекіту туралы" агенттіктің 28.02.2020 жылғы №149 бұйрығымен Қазақстан Республикасы Қаржы министрлігімен келісім бойынша бекітілген.