Агенттіктің 2020 жылға арналған бюджеті республикалық бюджет комиссиясы отырысының 20.01.2020 жылғы №1 хаттамасы негізінде, "2020 жылға арналған республикалық бюджеттің көрсеткіштерін түзету, 2019 жылғы бюджет қаражатының қалдықтары есебінен тиісті бюджеттік бағдарламалардың жылдық жоспарлы тағайындауларын ұлғайту және 2019 жылы республикалық бюджеттен бөлінген нысаналы даму трансферттерінің пайдаланылмаған (толық пайдаланылмаған) сомаларын 2020 жылы пайдалану (толық пайдалану) туралы" Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2020 жылғы 29 қаңтардағы № 21 қаулысымен бекітілген, және "2020 – 2022 жылдарға арналған республикалық бюджет туралы "Қазақстан Республикасының Заңын іске асыру туралы"Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2019 жылғы 6 желтоқсандағы № 908 қаулысына өзгерістер мен толықтырулар енгізу туралы. Бюджет Агенттіктің қызметін қамтамасыз ету үшін қажетті шығыстарды, сондай-ақ қаржы нарығының субъектілерін қадағалауды жүзеге асыру, халықтың қаржылық сауаттылығын арттыру және қаржылық қызметтерді тұтынушылардың құқықтарын қорғау бойынша заңнамалық бекітілген функцияларды іске асыру үшін шығыстарды қамтиды.