Басқармада барлығы 12 мемлекеттік қызмет көрсетіледі:
- Асыл тұқымды мал шаруашылығын дамытуға, мал шаруашылығы өнімінің өнімділігі мен сапасын арттыруға субсидиялау
- Тыңайтқыштардың құнын субсидиялау (органикалық тыңайтқыштарды қоспағанда)
- Тұқым шаруашылығын дамытуды субсидиялау
- Пестицидтердің, биоагенттердің (энтомофагтардың)құнын субсидиялау
- Ауыл шаруашылығы тауарын өндірушілерге су жеткізу жөніндегі қызметтердің құнын субсидиялау
- Ауыл шаруашылығы жануарларын, техникасы мен технологиялық жабдықтарын сатып алуға кредит беру, сондай-ақ лизинг кезінде сыйақы мөлшерлемелерін субсидиялау
- Инвестициялық салымдар кезінде агроөнеркәсіптік кешен субъектісі шеккен шығыстардың бір бөлігін өтеу бойынша субсидиялау
- Бірегей, элиталық тұқым, бірінші, екінші және үшінші репродукциялы тұқым өндірушілерді және тұқым өткізушілерді аттестаттау
- Астық қолхаттарын шығарумен қойма қызметі бойынша қызметтер көрсетуге лицензия беру
- Пестицидтерді өндіруге (формуляциялауға), пестицидтерді сатуға, пестицидтерді аэрозольді және фумигациялық тәсілдермен қолдануға қызметті жүзеге асыруға лицензия беру.
- Қайта өңдеу кәсіпорындарының ауыл шаруашылығы өнімін тереңдетіп өңдеу өнімдерін өндіру үшін сатып алуға жұмсаған шығындарын субсидиялау
- Ішкі нарыққа реттеушілік ықпал ету үшін азық-түлік астығын өткізу кезінде агроөнеркәсіптік кешен саласындағы ұлттық компанияның шеккен шығыстарын өтеу бойынша субсидиялау.