Басқармада барлығы 12 мемлекеттік қызмет көрсетіледі:

1. Асыл тұқымды мал шаруашылығын дамытуға, мал шаруашылығы өнімінің өнімділігі мен сапасын арттыруға субсидиялау
2. Тыңайтқыштардың құнын субсидиялау (органикалық тыңайтқыштарды қоспағанда)
3. Тұқым шаруашылығын дамытуды субсидиялау
4. Пестицидтердің, биоагенттердің (энтомофагтардың)құнын субсидиялау
5. Ауыл шаруашылығы тауарын өндірушілерге су жеткізу жөніндегі қызметтердің құнын субсидиялау
6. Ауыл шаруашылығы жануарларын, техникасы мен технологиялық жабдықтарын сатып алуға кредит беру, сондай-ақ лизинг кезінде сыйақы мөлшерлемелерін субсидиялау
7. Инвестициялық салымдар кезінде агроөнеркәсіптік кешен субъектісі шеккен шығыстардың бір бөлігін өтеу бойынша субсидиялау
8. Бірегей, элиталық тұқым, бірінші, екінші және үшінші репродукциялы тұқым өндірушілерді және тұқым өткізушілерді аттестаттау
9. Астық қолхаттарын шығарумен қойма қызметі бойынша қызметтер көрсетуге лицензия беру
10. Пестицидтерді өндіруге (формуляциялауға), пестицидтерді сатуға, пестицидтерді аэрозольді және фумигациялық тәсілдермен қолдануға қызметті жүзеге асыруға лицензия беру.
11. Қайта өңдеу кәсіпорындарының ауыл шаруашылығы өнімін тереңдетіп өңдеу өнімдерін өндіру үшін сатып алуға жұмсаған шығындарын субсидиялау
12. Ішкі нарыққа реттеушілік ықпал ету үшін азық-түлік астығын өткізу кезінде агроөнеркәсіптік кешен саласындағы ұлттық компанияның шеккен шығыстарын өтеу бойынша субсидиялау.