
1946 жылы 27 шілдеде Қарқаралы ауданы Бірінші Мамыр атындағы колхозда дүниеге келген.
15 жасында жетіжылдықты бітірді. Мектептен кейін Теміртау қаласына көшіп келді. Жүкші, Теміртау құю-механикалық зауытында токарь болып жұмыс істеп жүріп, қосымша кешкі мектепте, Нұркен Әбдіров атындағы аэроклубында оқыды. 1965-1969 жылдар аралығында Армавир жоғары әскери училищесінде оқыды. Сынаушы-ұшқыш болды. 1979 жылы Мәскеу авиациялық институтын оқып бітірді.
Кезінде Әубәкіров КСРО-да бірінші болып Сібір полюсы ауданына еш жерге қонбай сапарын іске асырды және әлемді бірінші рет әуеде екі рет қайта құйып трамплиннен ұшып «Тбилиси» авианосецқа қонды.
1991 жылы 2 қазанда негізгі экипаж ғарышкерлері Александр Волков, Тоқтар Әубәкіров және Франц Фибек «Союз-ТМ-13» ғарыш кемесі және «Мир» станциясы сөре алып, сегіз тәуліктік сапарын іске асырды.
Т.О. Әубәкіров - жаңа авиациялық техниканы сынақтан өткізгені үшін, сол кездегі білдірген батылдық мен батырлығы үшін Кеңес Одағының батыры (1998 ж.), «Халық каһарманы» (1995 ж.), КСРО еңбек сіңірген сынаушы-ұшқышы, КСРО (1991 ж.) және ҚР (1994 ж.) ұшқыш-ғарышкері, Ленин, Қазан революциясы, «Құрмет Белгісі», «Алтын крест» (1993 ж. Аустрия) ордендерімен марапатталды, ҚР еңбек сіңірген спорт шебері. 12-13 шақырылған ҚР Жоғарғы Кеңес депутаты.
Отан алдында ерекше еңбегі үшін, ғарыштық кеңістікті игеруіне косқан жауынгерлік творчествовалық үлесі үшін 1991 жылдың 23 желтоқсанында «Қарағанды каласының Құрметті азаматы» атағы берілді.
Атақ берілген күні: 1980 жылы 25 қыркүйек