2000–2015 жылдар: орталықтандыруға бетбұрыс

2004 жылы 2005–2010 жылдарға арналған денсаулық сақтауды реформалау және дамыту мемлекеттік бағдарламасы қабылданды.
Келесі маңызды кезең санитариялық-эпидемиологиялық сараптама жүргізетін ұйымдар желісін орталықтандырылған түрде дамыту болды.
2015 жылы Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2015 жылғы 5 ақпандағы № 38 «Қазақстан Республикасы Ұлттық экономика министрлігі Тұтынушылардың құқықтарын қорғау комитетінің кейбір республикалық мемлекеттік кәсіпорындарын қайта ұйымдастыру туралы» қаулысымен Қазақстан Республикасы Денсаулық сақтау министрлігінің Санитариялық-эпидемиологиялық бақылау комитетінің Ұлттық сараптама орталығы құрылды.
Ұлттық сараптама орталығының құрылуы бірыңғай зертханалық сараптама жүйесін қалыптастырудағы маңызды қадам болды. Оның негізгі міндеті санитариялық-эпидемиологиялық сараптама орталықтарының аудандық және облыстық деңгейдегі желісін орталықтандырылған әрі тиімді басқаруды қамтамасыз ету болды.