1) обеспечение исполнения таможенного, налогового и иного законодательства Республики Казахстан, контроль за соблюдением которого возложен на органы государственных доходов, таможенного законодательства Евразийского экономического союза (далее – ЕАЭС);
2) обеспечение полноты и своевременности поступления налогов и других обязательных платежей в бюджет, а также специальных, антидемпинговых и компенсационных пошлин;
3) обеспечение полноты и своевременности исчисления, удержания и перечисления социальных платежей в соответствии с законодательством Республики Казахстан;
4) участие в реализации налоговой политики Республики Казахстан;
5) обеспечение в пределах своей компетенции защиты суверенитета и экономической безопасности Республики Казахстан;
6) защита национальной безопасности Республики Казахстан, жизни и здоровья человека, животного и растительного мира, окружающей среды;
7) создание условий для ускорения и упрощения перемещения товаров через таможенную границу ЕАЭС;
8) государственное регулирование производства и оборота этилового спирта и алкогольной продукции, табачных изделий, а также оборота нефтепродуктов и биотоплива;
9) государственное регулирование в области реабилитации и банкротства (за исключением банков, страховых (перестраховочных) организаций и накопительных пенсионных фондов);
10) международное сотрудничество по вопросам, входящим в компетенцию Комитета;
11) выполнение иных задач, предусмотренных законодательством Республики Казахстан.