Срок проведения налоговой проверки, указываемый в предписании, не должен превышать тридцать рабочих дней с даты вручения предписания.
Срок проведения налоговой проверки может быть продлен для юридических лиц, не имеющих структурных подразделений, индивидуальных предпринимателей и нерезидентов до сорока пяти рабочих дней, вышестоящим налоговым органом – до шестидесяти рабочих дней. Для юридических лиц, имеющих структурные подразделения, и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии более одного места нахождения в Республике Казахстан, а также для налогоплательщиков, подлежащих налоговому мониторингу проверка до семидесяти пяти рабочих дней, вышестоящим налоговым органом – до ста восьмидесяти рабочих дней.
Течение срока проведения налоговой проверки может приостанавливаться налоговыми органами на период вручения налогоплательщику требования налогового органа о представлении бухгалтерских документов, направления запроса в другие налоговые органы, государственные органы, банки, подготовки письменного возражения налогоплательщиком на предварительный акт налоговой проверки. При этом налоговый орган обязан вручить извещения о приостановлении налоговой проверки, а при получении необходимых сведений вручить извещение о возобновлении.
Срок приостановления не включается в срок налоговой проверки по следующим причинам:
1)по налогоплательщикам, подлежащих налоговому мониторингу;
2)проводимой в связи с ликвидацией юридического лица или прекращением деятельности индивидуального предпринимателя;
3)тематических проверок по вопросам трансфертного ценообразования,
подтверждения достоверности сумм превышения налога на добавленную стоимость, предъявленных к возврату, проверок по возврату подоходного налога из бюджета на основании заявления нерезидента.
4)проводимой по основаниям, предусмотренным Уголовно-процессуальным кодексом Республики Казахстан;
5)в случае выставления налогоплательщику требования налогового органа о представлении документов.
6) в случаях выставления налогоплательщику предварительного акта налоговой проверки, а также рассмотрения налоговым органом письменного возражения налогоплательщика к предварительному акту налоговой проверки.
Для налоговых проверок, не указанных в подпунктах 1) – 6), срок приостановления включается в срок налоговой проверки.