Балгабаев Н. Н. свою трудовую деятельность начал с 1980 по 1995 г.г. - ассистентом, младшим научным сотрудником, старшим научным сотрудником, старшим преподавателем, заведующим кафедрой агромелиорации, ведущим научным сотрудником Жамбылского гидромелиоративно-строительного института (ЖГМСИ). 1996-1997 г.г. - директор Жамбылской государственной сельскохозяйственной опытной станции. 1998-2005 г.г. - заведующий сельскохозяйственным отделом Научно-исследовательского института эколого-экономических проблем (НИИЭЭП) при ТарГУ им. М.Х.Дулати, доцент, старший научный сотрудник кафедры биологии ТарГУ им. М.Х. Дулати. 2005-2008гг. - заместитель директора Казахского научно-исследовательского института водного хозяйства (КазНИИВХ). С 2008г. по настоящее время - генеральный директор ТОО «Казахский научно-исследовательский институт водного хозяйства».
Под руководством Балгабаева Н.Н. Казахским НИИ водного хозяйства в течение последних лет в различных регионах Казахстана были внедрены инновационные ресурсосберегающие технологии орошения и улучшения мелиоративного состояния земель на площади более 10 тыс. га, разработаны системы автоматизации контроля уровня, учета и управления водными ресурсами для 26 гидротехнических сооружений юга Казахстана, обследовано техническое состояние около 2 тысяч обводнительных шахтных колодцев и скважин, даны оценки по различным международным проектам по управлению трансграничными водными ресурсами, проведены экспертные оценки более 50 отчетов научно-исследовательских работ, выполняемых по государственным целевым научным и научно-техническим программам Министерства образования и науки РК и Министерства сельского хозяйства РК.
Опубликовано более 240 научно-методических трудов в отечественных и зарубежных изданиях, в том числе 10 монографий, 6 рекомендаций, 1 технологический регламент, 13 статей с импакт-фактором, 43 инновационных патента.
Сегодня в честь 64-летнего юбилея за заслуги в водном хозяйстве Председатель комитета по водным ресурсам МПР РК Н. Алдамжаров наградил Н. Балгабаева нагрудным знаком «Су шаруашылығының ардагері».