Маркакольский государственный природный заповедник был организован Постановлением Совета Министров Казахской ССР № 365 от 4 августа 1976 г. на площади 71 367 га для сохранения и изучения природных комплексов южной части Алтая, изучения экологии и динамики численности рыб уникального водоема озера Маркаколь.
В 1987 г. к заповеднику был присоединёна восточная и северо-восточная части оз. Маркаколь от Жукова ключа до реки Тихушки, а также среднее течение реки Тополёвки. Таким образом, вся акватория водоёма стала заповедной. В то время общая площадь заповедника составляла 75 048 га, что составляет 63,4% территории Маркакольской котловины. Более половины (61%) заповедной территории приходится на акваторию озера.
В 2007 году по Постановлению Правительства Республики Казахстан за № 1214 от 11 декабря существующая территория заповедника было расширена на 27931 га.
На сегодняшний день, с учетом последних данных, общая площадь заповедника составляет 102 971 га, что составляет 87 % территории Маркакольской котловины. 44,7 % заповедной территории приходится на акваторию озера.
Маркакольский Государственный природный заповедник расположен на востоке Казахстана в Маркакольской котловине гор Южного Алтая.
В административно-хозяйственном отношении территория заповедника находится в Курчумском районе Восточно-Казахстанской области в 250 км восточнее с. Курчум и в 500 км юго-восточнее г. Усть-Каменогорск, а центральная усадьба заповедника расположена в с.Урунхайка.
Существующая организационная структура заповедника учитывает следующие основные функции: охрана биологического разнообразия, научные исследования и мониторинг, и экологическое просвещение.
Выполнение вышеуказанных функций осуществляется соответствующими отделами и службами.
Отдел службы охраны природных комплексов и объектов состоит из 27 человек, это 26 государственных инспекторов и начальник службы охраны. Охрана природно-заповедных комплексов производится как стационарным, так и оперативным методами.
Стационарная охрана включает постоянно действующие кордоны, на которых установлено круглосуточное дежурство. Вся территория заповедника разбита на кварталы и обходы и закреплена за всеми государственными инспекторами, которые несут персональную ответственность за соблюдение заповедного режима на закрепленной за ними территории.
Оперативная охрана заключается в объезде, с использованием лошадей автомобилей, оперативными группами всей территории согласно графику или по мере необходимости. В оперативной группе, как правило, до четырех государственных инспекторов.
В целях недопущения пожаров среди местного населения, проживающего на границе с заповедником, круглогодично проводятся встречи и беседы, а в весенне-летнее время выдаются предписания. На всех кордонах имеется пожарные щиты, которые полностью укомплектованы.
Организует проведение любительского рыболовства для нужд местного населения на акватории озера Маркаколь на специально выделенных участках.
Организуется проведение нерестового периода на озере Маркаколь.
Отдел науки, мониторинга экологического просвещения состоит из 5 человек, из них 2 эколога, 1 специалист по экологическому просвещению, 1 лаборант и начальник отдела.
Научно-исследовательская деятельность: согласно Перспективному тематическому плану научно-исследовательских работ (НИР) МГПЗ на основе договоров о сотрудничестве на 2016-2020 гг. проводятся работы по 3 тематиками:
1.Изучение процессов формирование лиственничных насаждений Южного Алтая;
2.Изучение процессов естественного возобновления в ельниках Маркакольского заповедника;
3.Воспроизводства ленка и хариуса озера Маркаколь., в том числе ведение «Летописи природы МГПЗ». Сбор первичных материалов и наблюдений Летописи природы осуществляется государственными инспекторами МГПЗ по методикам предоставляемым научными сотрудниками. Так же научными сотрудниками проводятся обучения государственных инспекторов по ведению Летописи природы. Дальше научные сотрудники МГПЗ обрабатывают, делают анализы и обобщают полученные материалы. По ведению раздела по ихтиофауне в Летописи природы используются материалы «Биологического обоснования общих допустимых уловов ленка и хариуса в озере Маркаколь для проведения любительского рыболовства для нужд местного населения, проживающего в охранной зоне Маркакольского государственного природного заповедника» предоставляемый «Институтом гидробиологии и экологии». Так же для введения фенологических наблюдений были заложены 8 фенологических площадок по всей территории заповедника (фенологическая площадка №1 Долина реки соколиха, фенологическая площадка №2 Участок первый мыс, фенологическая площадка №3 Участок пескаринный мыс, фенологическая площадка №4 Жуковская пасека, фенологическая площадка №5 Участок Карагайлыбулак, фенологическая площадка №6 Участок верхняя Еловка, фенологическая площадка №7 Участок Матабай, фенологическая площадка №8 Участок Чумек).
Для совместных работ по учету диких животных, отделов службы охраны и науки вдоль побережья озера Маркаколь заложены мониторинговые маршруты для учетных работ по птицам и зверям. В мониторинговых маршрутах проводятся весенний учет диких животных, учет сурка, учет марала на реву, весеннее - летний учет диких животных, учет видов занесенные в Красную книгу РК, зимний учет диких животных и птиц, осенне-зимний учет диких животных и птиц.
Для рассмотрения различных аспектов деятельности МГПЗ функционирует Научный Совет, заседания которого проходят по мере возникновения насущных вопросов.
Сотрудники отдела науки, мониторинга и экологического просвещения участвуют в семинарах и конференциях различного уровня и тематической направленности. Публикуют в научных изданиях материалы своих исследований.
Эколого - просветительская деятельность:
Отдел заповедника ежегодно с 1998 года проводит международную акцию «Марш Парков». В 2007 году победили в номинации «Лучший видеофильм об акции». В 2015 году заняли 3 место среди заповедников. При проведений акций «Марш Парков» сотрудники отдела стремятся охватить больше районов и городов. Таким образом если в начале проведения акции было охвачено только Курчумский район, то в последнее время сотрудниками МГПЗ акция «Марш Парков» проводятся в Зайсанском и в Зыряновском районе. И с каждым годом увеличиваются участники акции, это не только учащиеся, но и особый интерес проявляют организации и местное население.
Ежегодно в рамках акции проводятся такие мероприятия как: «День Птиц», «Всеказахстанский день посадки леса», «Чистой речке – чистые берега», «День Земли».
Так же проводятся праздничные шествия, агитационные концерты направленные на поддержку деятельности особо охраняемых природных территорий, субботники, экскурсии в музеях природы, эколго-образовательные мероприятия, «круглые столы», «дни открытых дверей».
Все проведенные работы в рамках акции «Марш Парков» публикуются в средствах массовой информации: в районной, областной и республиканской печати.
В рамках акций так же выпускаются рекламно-издательские продукции: листовки, буклеты, баннера, сувениры с использованием символики ООПТ.
Также работает школьный экологический клуб с целью развития экологической культуры учащихся, воспитания чувства ответственности и гордости за уникальную природу родного края, эстетического воспитания учащихся на примере различных природных объектов, живописных ландшафтов, трудового воспитания учащихся в ходе природоохранных акций и мероприятий.
С участием экологического клуба прошли: акция «Каждой пичужке - хорошую кормушку!», уроки-конференции «Лес – наше богатство», «Мелодии леса – птицы», «Особо охраняемые природные территории Казахстана», «Лесная аптечка», урок-экскурсия «По лесным экологическим тропам», выпуск стенгазет, посвященных экологическим датам и праздникам.
Со дня образования заповедника действует Музей природы, который расположен в отдельном помещении. Основная часть экспонатов в Музее была добыта и сделана в 1978-80 гг. В музее расположено 45 экспонатов, в том числе чучела птиц и зверей, спиртовые экспонатов 6 штук, экспонаты полевок и мышей 6 штук. В Музее природы имеются экспонаты и породы минералов так же имеется уголок эколого-просветительской деятельности.
В 2010 году Маркакольском заповеднике разработаны и утверждены 2 экологические тропы: