Восточно-Казахстанская область относится к одной из наиболее водообеспеченных регионов Казахстана. В бассейне Ертис в Восточно Казахстане насчитывается 13200 водотоков суммарной длиной 53,2 тыс км.  На территории области находятся порядка 100 прудов и водохранилищ. Два крупнейших водохранилища (Бухтарминское, Усть-Каменогорское) Иртышского каскада.

Река Иртыш и его притоки интенсивно используются для хозяйственного и питьевого водообеспечения. За счет влияния горнодобывающего комплекса наблюдается локальное загрязнение отдельных водных объектов тяжелыми металлами. Существенным фактором, влияющим на состояние поверхностных и подземных вод, являются исторические загрязнения (отвалы горных пород, хвостохранилища, накопители промышленных отходов).

Одним из мероприятий решения вопроса ограничения антропогенного воздействия на водные объекты, сохранение количества и качества вод, охраны водных объектов в бассейне реки Иртыш от загрязнения, засорения и истощения и по улучшению их санитарно-технического и эпидемиологического состояния, является создание по берегам рек и водоемов водоохранных зон и полос с особым режимом хозяйственной деятельности на их территории.

Акиматом Восточно-Казахстанской области проделана большая работа по установлению вдоль берегов водных объектов водоохранных зон и полос. Проекты по установлению водоохранных зон и полос разрабатывались как за счет средств областного бюджета, так и за счет средств предприятий-водопользователей. На сегодняшний день, вынесено 325 постановлений акимата области. Установлено 9300,32 км водоохранных зон (площадь – 351472,14 га) и 10879, 12 км водоохранных полос (площадь – 56832,04 га) .

Восточно-Казахстанская область в целом отличается благоприятными условиями питания подземных вод в связи с довольно значительным количеством выпадающих атмосферных осадков и широким развитием с поверхности обломочных и трещиноватых пород. 

В рамках в рамках государственной жилищной программы до 2025 года проводятся поисково-разведочные работы (далее - ПРР) на подземные воды для обеспечения запасами подземных вод сельских населенных пунктов в Восточно-Казахстанской области. Данная функция была передана Управлению в 2015 году.

За период с 2015 по 2022 годы завершены ПРР в 321 селах и 16 объектах доразведки месторождений подземных вод проведена переоценка запасов, разработка ПСД не выполнена, ПРР для 177 СНП и 10 объектов доразведки месторождений подземных вод.

В области насчитывается 131 гидротехнических сооружений, в том числе:

 - в республиканской собственности - 58, в том числе 54 - на балансе РГП «Казводхоз»;

- на балансе КГП «Шығыс су қоймалары» - 34;

- на балансе коммунальной собственности акимов городов и районов - 17;

- в частной собственности - 17.

В целях предупреждения и устранения паводковых угроз Министерством по чрезвычайным ситуациям РК утверждена Дорожная карта «Комплекс мер по предупреждению и устранению паводковых угроз на 2021-2023 годы» (МЧС от 10.12.2020г. № 84, МЭГПР от 9.12.2020г. № 311-П и МИИР от 11.12.2020г. № 653).

В 2021 году реализованы все 11 мероприятий на общую сумму 162 млн. тенге, из которых 10- запланированы на 2021 год в 5 районах области, 1 –переходящее с 2023 года. (работы завершены на 100%)

В 2022 году в рамках Дорожной карты реализованы все 9 мероприятий на общую сумму 166 млн. 688 тыс. тенге. (работы завершены на 100%.)

На 2023 год запланировано 6 мероприятий в 3 районах области на сумму 55 млн. тенге.